NEBNext®ARTIC SARS-CoV-2 FS 文库制备试剂盒(适用于 Illumina 平台)–NEB

产品资料 – 用于二代测序的 NEBNext® 试剂 – 适用于 Illumina 测序平台/Ultra II DNA & RNA

NEBNext®ARTIC SARS-CoV-2 FS 文库制备试剂盒(适用于 Illumina 平台)                              收藏

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NEBNext® ARTIC SARS-CoV-2 配套试剂盒(Oxford Nanopore Technologies)

NEBNext® ARTIC SARS-CoV-2 文库制备试剂盒(适用于 Illumina 平台)

产品特点

简化、高效的操作流程

病毒基因组起始范围广:10 – 10000 个拷贝
提高 SARS-CoV-2 基因组覆盖度的均一性
文库制备前无需进行扩增子标准化
文库插入片段约 150 bp
适用于 2 x 75 Illumina 测序
可选用人类对照引物
提供 NEBNext 样品纯化磁珠(SPRIselect®)
接头引物可单独提供
 

概述

 目前对 SARS-CoV-2 测序的可靠性和准确性的要求日益增长,为了满足上述需求,NEB 推出 NEBNext® ARTIC 文库制备试剂盒。这些试剂盒根据 ARTIC Network(1)原始流程开发,可分别用于长片段和短片段测序。ARTIC SARS-CoV-2 测序是基于多重扩增子技术的病毒全基因组测序。

 
ARTIC SARS-CoV-2 操作流程是一种可覆盖整个病毒基因组的多重扩增子测序方法。基于此方法,NEB 开发了 NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 文库制备试剂盒,并优化和创新了相关试剂。
 
NEBNext ARTIC 试剂盒包含用于 SARS-CoV-2 gRNA 的 RT-PCR 引物和试剂,以及用于下游 Illumina® 和 Oxford Nanopore Technologies® 测序的文库制备相关试剂。使用 NEB 基于测序经验数据开发的方法平衡 V3 ARTIC 引物。结合优化的 RT-PCR 试剂,该试剂盒可在较宽的拷贝数范围内提高 gRNA 扩增子的均一性。
 
无论起始量多少(10 – 10,000 个病毒基因组拷贝)都可使用同一个 RT 方案,并且在靶向扩增前无需进行标准化。使用 NEB 基于测序经验数据开发的方法平衡 V3 ARTIC 引物,以提高整个病毒基因组的扩增子覆盖度均一性。文库制备使用 NEBNext FS 试剂和工作流程,包含 cDNA 酶切打断,同时试剂量已根据 ARTIC 应用进行了调整。请注意,文库制备的接头引物需要单独购买。使用全新的 NEBNext Library PCR Master Mix 时,无论初始起始量多少,都可用相同的 PCR 循环数扩增所有的文库。
 
NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 FS 文库制备试剂盒(适用于 Illumina 平台)包含 cDNA 酶切打断过程,可制备约 150 bp 插入片段的文库,适用于 2 x 75 bp 测序。如需制备更长的插入片段,选用 NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 文库制备试剂盒(适用于 Illumina 平台)(NEB #E7650)可制备约 400 bp 插入片段的文库,适用于 2 x 75 bp 测序。
 
1.(Josh Quick 2020. nCoV-2019 sequencing protocol v2 (GunIt). protocols.io https://dx.doi.org/10.17504/protocols.io.bdp7i5rn).
 

产品描述

NEBNext®ARTIC SARS-CoV-2 FS 文库制备试剂盒(适用于 Illumina 平台)--NEB

使用 NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 FS 文库制备试剂盒(适用于 Illumina 平台),提高基因组覆盖度。基因组数据可视化图(IGV)显示了 SARS-CoV-2 基因组的覆盖度。起始样本是 100 ng 人类通用参考 RNA(ThermoFisher QS0639)中的 1,000 份 SARS-CoV-2 病毒 gRNA 拷贝(ATCC VR-1986 和 VR-1991)。分别使用两种引物对起始样本进行多重扩增子扩增:IDT ARTIC nCoV-2019 V3 Panel(“Standard”)和 NEBNext 已平衡的 ARTIC SARS-CoV-2 引物池,两种引物中添加或不添加 NEBNext ARTIC 人类对照引物。建库试剂为 NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 FS 文库制备试剂盒(适用于 Illumina 平台)。使用 MiSeq® (2 x 75 bp)测序。测定每个碱基的覆盖深度,向下抽样(seqtk)Reads 数,使用 Bowtie 2 比对至 SARS-CoV-2 参考基因组(NCBI, NC_045512)。

NEBNext®ARTIC SARS-CoV-2 FS 文库制备试剂盒(适用于 Illumina 平台)--NEB

使用 NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 FS 文库制备试剂盒(适用于 Illumina 平台),提高每个碱基的覆盖深度。起始样本是 100 ng 人类通用参考 RNA(ThermoFisher QS0639)中的 10 – 1,000 份 SARS-CoV-2 病毒 gRNA 拷贝(ATCC VR-1986 和 VR-1991)。分别使用两种引物对起始样本进行多重扩增子扩增:IDT ARTIC nCoV-2019 V3 Panel(“Standard”)或 NEBNext 已平衡的 ARTIC SARS-CoV-2 引物池。建库试剂为 NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 FS 文库制备试剂盒(适用于 Illumina 平台)。使用 MiSeq® (2 x 250 bp)测序。测定每个碱基的覆盖深度,向下抽样(seqtk)Reads 数,使用 Bowtie 2 比对至 SARS-CoV-2 参考基因组(NCBI, NC_045512)。
 
NEBNext®ARTIC SARS-CoV-2 FS 文库制备试剂盒(适用于 Illumina 平台)--NEB
添加人类对照引物不会降低基因组覆盖度。起始样本是 100 ng 人类通用参考 RNAThermoFisher QS0639)中的 1,000 SARS-CoV-2 病毒 gRNA 拷贝(ATCC VR-1986 VR-1991)。使用 NEBNext 已平衡的 ARTIC SARS-CoV-2 引物池对起始样本进行多重扩增子扩增,引物中添加或不添加 NEBNext ARTIC 人类对照引物。建库试剂为 NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 FS 文库制备试剂盒(适用于 Illumina 平台)。使用 MiSeq® 2 x 75 bp)测序。基因组部分的各覆盖深度由起始量和 Reads 向下抽样至 10,000100,000500,000 1,000,000 确定。
 
NEBNext®ARTIC SARS-CoV-2 FS 文库制备试剂盒(适用于 Illumina 平台)--NEB

使用 NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 FS 文库制备试剂盒(适用于 Illumina 平台),提高基因组覆盖度。基因组数据可视化图(IGV)显示了 SARS-CoV-2 基因组的覆盖度。起始样本是 100 ng 人类通用参考 RNAThermoFisher QS0639)中的 1,000 SARS-CoV-2 病毒 gRNA 拷贝(ATCC VR-1986 VR-1991)。分别使用两种引物对起始样本进行多重扩增子扩增:QIAseq SARS-CoV-2 Primer Panel NEBNext 已平衡的 ARTIC SARS-CoV-2 引物池。建库试剂为 QIAseqFX kit NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 FS 文库制备试剂盒(适用于 Illumina 平台)。使用 MiSeq® 2 x 75 bp)测序。测定每个碱基的覆盖深度,向下抽样(seqtkReads 数,使用 Bowtie 2 比对至 SARS-CoV-2 参考基因组(NCBI, NC_045512)。

NEBNext®ARTIC SARS-CoV-2 FS 文库制备试剂盒(适用于 Illumina 平台)--NEB

使用 NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 FS 文库制备试剂盒(适用于 Illumina 平台),提高基因组覆盖度。起始样本是 100 ng 人类通用参考 RNAThermoFisher QS0639)中的 1,000 SARS-CoV-2 病毒 gRNA 拷贝(ATCC VR-1986 VR-1991)。分别使用两种引物对起始样本进行多重扩增子扩增:QIAseq SARS-CoV-2 Primer Panel NEBNext 已平衡的 ARTIC SARS-CoV-2 引物池。建库试剂为 QIAseqFX kit NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 FS 文库制备试剂盒(适用于 Illumina 平台)。使用 MiSeq® 2 x 75 bp)测序。基因组部分的各覆盖深度由起始量和 Reads 向下抽样至 10,000100,000500,000 1,000,000 确定。

NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 FS 文库制备试剂盒(适用于 Illumina 平台)工作流程
NEBNext®ARTIC SARS-CoV-2 FS 文库制备试剂盒(适用于 Illumina 平台)--NEB